ความเป็นมาของการจัดสร้างพระไตรปิฎกหินอ่อนของไทยนั้น กล่าวคือ เนื่องในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงเจริญพระชนมพรรษา ๕ รอบ ในปี ๒๕๓๒ สมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ วัดปากน้ำ และสมาคมศิษย์หลวงพ่อวัดปากน้ำ ได้ดำเนินการจารึกพระไตรปิฎกฉบับภาษาบาลี อันเป็นภาษาหลักของพระพุทธศาสนา จากพระไตรปิฎกฉบับซึ่งคณะสงฆ์ไทยได้ทำการตรวจชำระ และสังคายนาพระธรรมวินัย ลงบนแผ่นหินอ่อนขนาดกว้าง ๑.๑๐ เมตร สูง ๒ เมตร หนา ๗-๘ นิ้ว จำนวน ๑,๔๑๘ แผ่น เพื่อเป็นถาวรวัตถุอันเป็นนิมิตหมายแห่งความมั่นคงของพระพุทธศาสนา ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๙ นี้ ให้ปรากฎในประวัติศาสตร์ของพระพุทธศาสนาและชาติไทย
นอกจากนี้ยังได้ก่อสร้างมหาวิหาร เพื่อประดิษฐานพระไตรปิฎกหินอ่อนทั้งหมด ณ บริเวณพื้นที่เกาะทางทิศตะวันตก ด้านหลังพระพุทธรูปพระศรีศากยทศพลญาณประธานพุทธมณฑลสุทรรศน์ ซึ่งมีพื้นที่โดยรวมประมาณ ๙ ไร่ ส่วนอาคารมหาวิหารก่อสร้างด้วคอนกรีตเสริมเหล็ก มีพื้นที่ ๕,๘๒๔ ตารางเมตร ตัวอาคารเป็นรูปแบบสถาปัตยกรรมไทย ลักษณะรูปทรงจตุรมุขทั้ง ๔ ทิศ โดยมีพระเจดีย์มหารัชมังคลาจารย์ อยู่ตรงกลาง ภายในพระเจดีย์นี้ประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุ พระธาตุพระสารีบุตรเถระ พระมหาโมคคัลลานเถระ พระธาตุพระสีวลีเถระ และรายล้อมด้วยเจดีย์ รวมเป็น ๙ ยอด พระไตรปิฎกหินอ่อนตั้งเรียงรายภายในอาคาร ส่วนด้านบนของอาคารโดยรอบมีภาพวาดพุทธประวัติ ทศชาติชาดก และการสังคายนาพระไตรปิฎก
มหาวิหารประดิษฐานพระไตรปิฎกหินอ่อนนี้ เริ่มสร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ.๒๕๓๒ แล้วเสร็จในปี ๒๕๔๑ รวมระยะเวลา ๙ ปี สิ้นค่าใช้จ่ายในการก่อสร้าง ประมาณ ๒๐๐ ล้านบาท ทั้งนี้เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติ และถวายเป็นพระราชกุศลแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องวโรกาสทรงเจริญพระชนมพรรษา ๕ รอบ
ในการนี้พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ ในพิธีเปิดและสมโภชพระไตรปิฎกหินอ่อน ณ พุทธมณฑล อ.พุทธมณฑล จ.นครปฐม เมื่อวันจันทร์ที่ ๑๘ มกราคม พ.ศ.๒๕๔๒ เวลา ๑๗.๐๐ น.
นับเป็นพระไตรปิฎกหินอ่อนที่ใหญ่ที่สุดในโลกและมีจำนวนมากที่สุดในโลกอยู่ในขณะนี้