กรณีปรากฏข่าวในสื่อมวลชนบางฉบับ ในวันที่ 29-30 มีนาคม พ.ศ. 2559 ที่มีหมายเรียก โดยระบุชื่อ พระเทพญาณมหามุนี โดยมีผู้กล่าวหา คือ นายธรรมนูญ อัตโชติ สมาชิกสหกรณ์ฯ คลองจั่นนั้น ทางวัดพระธรรมกาย ขอยืนยันในความบริสุทธิ์ของพระเทพญาณมหามุนี และขอปฏิเสธทุกข้อกล่าวหา และขอชี้แจ้งว่า....
เมื่อวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2555 ที่ผ่านมา สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ร่วมกับวัดพระธรรมกาย มูลนิธิธรรมกาย หน่วยงานภาครัฐ เอกชนในจังหวัดยะลา จัดพิธีถวายสังฆทานแต่คณะสงฆ์ 286 วัด ในพื้นที่ 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ครั้งที่ 83
ลูกได้หาทางออกให้กับชีวิตโดยการ “คิดฆ่าตัวตาย” และสิ่งที่ช่วยชีวิตลูกไว้ได้ทุกครั้ง นั่นก็คือ คำสอนของคุณครูไม่ใหญ่ ที่พูดว่า..การฆ่าตัวตายมันเป็นบาปมาก และหลังจากตายไปแล้ว ต้องไปชดใช้กรรมอย่างทรมานยาวนานกว่านี้อีกหลายเท่านัก