กรณีมีข่าวปรากฏตามสื่อมวลชนว่า กรมสอบสวนคดีพิเศษ(ดีเอสไอ) ออกหมายเรียกพระเทพญาณมหามุนี (หลวงพ่อธัมมชโย) เพื่อรับทราบข้อกล่าวหาในความผิดฐานสมคบกันฟอกเงินและร่วมกันรับของโจร วัดพระธรรมกายขอยืนยันในความบริสุทธิ์ของพระเทพญาณมหามุนี (หลวงพ่อธัมมชโย) และปฏิเสธข้อกล่าวหาทั้งหมด
กรณีปรากฏข่าวในสื่อมวลชนบางฉบับ ในวันที่ 29-30 มีนาคม พ.ศ. 2559 ที่มีหมายเรียก โดยระบุชื่อ พระเทพญาณมหามุนี โดยมีผู้กล่าวหา คือ นายธรรมนูญ อัตโชติ สมาชิกสหกรณ์ฯ คลองจั่นนั้น ทางวัดพระธรรมกาย ขอยืนยันในความบริสุทธิ์ของพระเทพญาณมหามุนี และขอปฏิเสธทุกข้อกล่าวหา และขอชี้แจ้งว่า....
วัดพระธรรมกายปฏิเสธการ “โพสต์ภาพหรือข้อความ ดูหมิ่น ว่าร้ายศาสนาอิสลาม”
วัดพระธรรมกายปฏิเสธไม่เกี่ยวข้องกับเฟสบุคและเว็บไซต์ชื่อ "ตื่นเถิดชาวพุทธ" และ "เรา รัก ธรรมกาย "
วัดพระธรรมกาย ขอชี้แจงว่า ข้อความดังกล่าวไม่ใช่ข้อความของวัดพระธรรมกาย แต่เป็นข้อความของผู้ใช้ชื่อในเฟซบุ๊ก เรา รัก ธรรมกาย ซึ่งไม่ใช่พระภิกษุ สามเณร ลูกศิษย์วัด หรือกัลยาณมิตรของวัดพระธรรมกายแต่อย่างใด
ตามที่เว็ปไซต์ไทยรัฐออนไลน์ http://www.thairath.co.th/content/480935 ลงข่าว คสช.สั่งจับ! สร้างเจดีย์สาย‘ธรรมกาย’บนยอดดอยเชียงราย วัดพระธรรมกายขอชี้แจ้งว่า การสร้างเจดีย์ดังกล่าว ไม่เกี่ยวข้องกับวัดพระธรรมกาย
ตามที่มีเฟซบุ๊กผู้ใช้ชื่อ Sunset Pda Neverdie แอบอ้างว่าเป็นพระภิกษุหรือลูกศิษย์ของวัดพระธรรมกาย และโพสต์แสดงความเห็นเกี่ยวกับวัดพระธรรมกาย และพระยาพิชัยดาบหัก เพื่อให้ผู้อ่านเกิดความเข้าใจผิดต่อวัดพระธรรมกาย
จากกรณีเพจ Buddha Isara โพสต์ข้อความ “สาวกวัดพระธรรมกายโวยวายได้ไงเนี่ย” และโพสต์จดหมายที่มีถอดคำหยาบคาย รวมทั้งสื่อออนไลน์ นำไปเผยแพร่ต่อ อาทิ แนวหน้าออนไลน์, ที่นี่ดอทคอม นั้น ....
ตามที่มีเฟชบุ๊คของผุ้ใช้ชื่อว่า ม.ล. รุ่งคุณ กิติยากร กล่าวคำเท็จและใส่ร้ายว่า วัดพระธรรมกายให้ที่พักพิงอาศัย ให้อาหาร พร้อมถึงให้การเก็บอาวุธของกองกำลังที่ได้กระทำการเผาบ้านเผาเมือง...
กรณีการกล่าวเท็จของ นายสมบูรณ์ ทองบุราณ ผู้ซึ่งกำลังถูกดำเนินคดีก่อการร้ายกรณีร่วมกับพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยปิดสนามบินสุวรรณภูมิ, ผอ.ช่อง13 สยามไท และอดีต ส.ว.ยโสธร ที่ว่าระบุมีชายชุดดำที่วัดพระธรรมกายนั้น ทางวัดขอปฏิเสธว่าไม่เป็นความจริงแต่ประการใด เป็นการกล่าวโกหก กล่าวเท็จ กล่าวใส่ร้ายป้ายสีโดยไม่มีมูล กรุณาอย่านำวัดไปยุ่งเกี่ยวกับความเห็นทางการเมืองโดยใช้ข่าวลือที่ไม่เป็นความจริง เพราะไม่เป็นประโยชน์แต่ประการใดเลย